第一章
《他回來了，她卻走了》
場景1：人群穿梭的街道上，新一正騎著滑板在街道上穿梭，追蹤眼鏡上上一個小紅點正在慢慢地接近另一個的小紅點，新一正在聽著偵探臂章
“工藤，沒錯，一個月了，這次的解藥是長久性的，不會有什麼副作用了，這就是APTX——4869的解藥，我已經把它放在了博士家的地下室裡……”哀在偵探臂章的另一邊說著
“你別說了，灰原，你要說等到我把你救出來後，你想說什麼就說什麼。”新一打斷了哀的話。原來，哀已經把解藥研製出來，但是她不知道藥性如何，只好親身試驗，但是由於身體變大後，引來了組織，雖然在新一和FBI的努力下，組織的成員都離開日本，但是他們把哀這個叛徒關到了一個廢棄工廠，並且安上了定時炸彈。
“不，來不及了，工藤，定時炸彈只剩下了2分鐘了。你現在聽我把話說完，其實這也許是我最後一次說話了，這也是我一直以來最想說的話，我……”偵探臂章在這個時候沒有電。
“灰原，灰原，可惡。”新一在著急地在街道上飛奔著
但是當新一到了那個廢棄工廠時，工廠裡已經是火焰沖天了。
“灰原”新一大聲地喊著，但是他的聲音也被這熊熊的烈火吞噬了。
場景2：博士家的地下室，昏暗的燈光下一臺電腦孤獨地立在那裡，桌面上有一顆紅白相間的膠囊，一朵枯萎的紅玫瑰，電腦螢幕上的一行字：玫瑰總會有枯萎的一天，但是天使卻永遠不會消失，她是永遠美麗的。
“傻女人。”新一的眼裡全是淚水，他拿起解藥：“如果是用你的生命換來的，我寧可不要。”新一要將解藥捏爛。
“新一，你在幹什麼？”博士阻止他：“這是小哀的心血，你把它捏爛了，小哀會回來嗎？你只有吃了它，才不會辜負小哀的一片心意。”
“心意？”新一看著那朵的玫瑰，吞下了解藥，此時他的心就像是刀割了一般，他倒在了地上。
場景3：1個月前，米花公園，晨練的人在公園裡運動著，新一無奈地跑著，旁邊的哀到是挺有興趣的。
“唉，這個時候應該在家裡睡覺才對。”新一打了一個呵欠。
“怎麼？大偵探，這樣不挺好的嗎？”哀在一旁說道
“什麼嘛？喂，你什麼時候把解藥研製出來，這種小學生的生活太無聊了。”
“你真的那麼想回去嗎？”哀停住了腳步。
“那是，我還要向蘭……”新一正要說話時，發現哀不在旁邊，也停住腳步：“喂，怎麼呢？你不挺有興趣。”
“這個季節，是玫瑰盛開的季節。”哀盯著公園裡的玫瑰：“好想擁有一支。”
“給你。”過了一會兒，新一拿了一支血紅的玫瑰送到了哀的面前。
“你……”哀吃驚地看著新一
“別誤會，不是亂採摘花草，是我到外面的花店買的。”新一無所謂地說：“我覺得你就像這玫瑰一樣，帶著刺。”
“謝謝。”哀接過玫瑰，心想：大偵探，我會讓你如願的。
場景4：帝丹高中教室內，大家還是三三兩兩地討論著自己的事情，不過今天的主題是工藤新一回來了。
“蘭，你老公終於回來了。”園子碰了碰蘭的手臂。
“園子，別亂說。”蘭不好意思地說：“不過，柯南他走了，真是的，還挺想他的。”
“蘭，你不會愛上那個小鬼了吧，那新一怎麼辦？”園子笑著說
“什麼，園子，你又來了。”
“嘻嘻。”園子的笑道，她看著門口捧著鮮花的女生們：“不過，那個工藤新一還挺受歡迎的。”
“喂，大偵探來了。”一個從門外傳來的聲音，新一穿過了人群，他並沒有理會身邊的女生，徑直走了進來。頭也不回地坐到了位置上。周圍的女生幾乎都迷倒了。
“哼，擺什麼酷嘛！”園子不滿地做了一個鬼臉：“蘭，好好教訓他。”
“園子。”蘭轉頭看著新一，新一這時低著頭，似乎略有所想，眼神里充滿了哀傷。
“新一……”蘭看著新一，一雙水汪汪的眼睛，但新一似乎並沒有聽到
“喂，工藤新一，你別裝了。”園子重重地敲了一下新一的桌子：“人家蘭在叫你呢？”
“哦？”新一抬起頭對蘭說：“對不起，我再想事情。”
“真是一個推理狂，都回來了，還在想案子。”園子回到了位置上。
“新一，他在想什麼呢？”蘭疑惑著